Los niños tenían hambre, los padres ayunaban para alimentar a sus hijos, y la viruela, el tifus o la difteria empezaron a hacer su mortífera aparición.
Durante el primer invierno que Florence pasó en Scutari, murieron allí 4000 soldados, el 90% de ellos por enfermedades contraídas en el hospital militar, como el tifus, el cólera o la disentería.
En el año de 1695 se desató una epidemia de tifus en toda la capital de la Nueva España, causó grandes estragos en la ciudad, pero principalmente en el convento de San Jerónimo con una mortandad del 90%.