El Gobierno de Transición ha avanzado considerablemente en el programa legislativo, en particular con la aprobación en noviembre de la ley de amnistía.
La comisión no está facultada para conceder amnistía, pero puede determinar los “delitos de índole política” respecto de los cuales cabe adoptar una ley de amnistía.
Así por ejemplo, la Argentina, Chile y Polonia han abrogado las leyes de amnistía promulgadas por el régimen autoritario o durante la transición, que infringían sus obligaciones internacionales.
Varias decisiones recientes han confirmado la incompatibilidad de las medidas de amnistía con la obligación de los Estados de castigar los delitos graves punibles según el derecho internacional.
No se trata de un proceso de amnistía como tal; no difiere mucho de los acuerdos obtenidos mediante la negociación de los cargos entre el Estado y el delincuente.
También instó al Gobierno a que ampliara la amnistía para los combatientes de base del Ejército de Resistencia del Señor y les ayudara a integrarse en sus comunidades.
Se realizan operaciones específicas con las autoridades competentes a fin de recoger armas o municiones entregadas voluntariamente en condiciones de amnistía o, en caso necesario, en operaciones más agresivas.
También han sido consideradas en general incompatibles con la postura aceptada de las Naciones Unidas de que no cabe amnistía en casos de genocidio, crímenes de guerra ni crímenes de lesa humanidad.
Aunque este tipo de amnistías se concedían a cambio de una confesión pública de los autores, en general (y correctamente, en opinión de la Comisión) el derecho internacional las ha considerado inaceptables.
Entre otras cosas, quedan por examinar leyes sobre el referéndum y la amnistía, el estatuto de la oposición política, la financiación de los partidos políticos, el proyecto de constitución y la ley electoral.
En Honduras, la ONU pide al Congreso que extienda la amnistía que exonera del pago de una multa administrativa de más de 200 dólares a los migrantes que ingresen irregularmente al país.
Después de una tramitación un tanto accidentada en el Congreso, la ley de amnistía ya ha sido aprobada, a la segunda, eso sí, gracias a los votos de los partidos del Gobierno y de sus socios nacionalistas e independentistas.