S'agissant de l'environnement, d'aucuns soutiennent que les gènes peuvent se retrouver en des endroits inattendus et subir des mutations aux effets négatifs (en créant des « supervariétés » de mauvaises herbes résistantes aux parasites et aux herbicides), que les gènes en sommeil pourraient accidentellement être activés tandis que les gènes actifs pourraient devenir latents, et que les gènes pourraient avoir des interactions avec les populations autochtones vivant dans la nature et engendrer ainsi des effets négatifs sur les oiseaux, les insectes et les sols, tout en portant involontairement préjudice aux prédateurs des parasites des cultures, qui ont un effet bénéfique.

境方面来说，有人认为，基因可能会进入预想不到的方并发生有害突变（例如，产生有抗病虫及抗除草剂能力的“超级杂草”），“沉睡”基因会意外被唤醒而活性基因会转为“隐性”，并且基因会同野生及土著生物群体互相发生反应，而对鸟类、昆虫以及土壤产生不利影响，在无意间伤害害作物害虫的益鸟益虫。

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